Το Εκκλησιαστικό Ίδρυμα Περιθάλψεως Ατόμων με Νοητική Υστέρηση ή με σύνδρομο Down της Ιεράς Αρχιεπισκοπής Αθηνών «Μ. Κόκκορη», ιδρύθηκε ως ίδρυμα μη κερδοσκοπικού χαρακτήρα από την Ιερά Αρχιεπισκοπή Αθηνών, με τη μέριμνα του μακαριστού Αρχιεπισκόπου Αθηνών κυρού Χριστοδούλου. Μετά την από 20-10-2005 απόφαση της Διαρκούς Ιεράς Συνόδου της Εκκλησίας της Ελλάδος, αυτή δημοσιεύθηκε στο Φ.Ε.Κ. 1590/16-11-2005 τεύχος β΄.
Τη λειτουργία του ξεκίνησε την 1η Μαρτίου του 2007. Το εν λόγω ίδρυμα, φέρει το όνομα της δωρήτριας, Μαρίας Κόκκορη. Από 2 Ιουλίου του 2012 έως και τον Ιούνιο του 2015 λειτουργούσε ως δύο Στέγες Υποστηριζόμενης Διαβίωσης (Σ.Υ.Δ.) υπό την αιγίδα της Φιλανθρωπικής Οργάνωσης της Ιεράς Αρχιεπισκοπής Αθηνών «ΑΠΟΣΤΟΛΗ» αποτελώντας ένα σύγχρονο πλαίσιο ψυχοκοινωνικής αποκατάστασης, το οποίο παρείχε και παρέχει ολοκληρωμένες, ποιοτικές υπηρεσίες εξειδικευμένης επιστημονικής θεραπευτικής υποστήριξης σε άτομα με νοητική υστέρηση και σύνδρομο Down. Στο πλαίσιο των Σ.Υ.Δ. λειτουργούν παράλληλα και ψυχοπαιδαγωγικές ομάδες και κέντρο ημέρας, κατά τις πρωινές ώρες.
Σήμερα, οι Σ.Υ.Δ. «Μ. Κόκκορη» λειτουργούν υπό την εποπτεία του Μακαριωτάτου Αρχιεπισκόπου Αθηνών και πάσης Ελλάδος κ.κ. ΙΕΡΩΝΥΜΟΥ Β΄, Προέδρου του Δ.Σ., και τη μέριμνα του Ιδρύματος “Μαρία Κόκκορη” ως στέγες μακράς διαμονής – υποστηριζόμενης διαβίωσης (κλειστή μονάδα) 24ωρης φιλοξενίας, στις οποίες εισάγονται επαρκώς λειτουργικά άτομα. Οι Σ.Υ.Δ. «Μ. Κόκκορη» δύνανται να φιλοξενήσουν και άτομα μεγάλης ηλικίας, κατόπιν σχετικής αξιολόγησης της διεπιστημονικής ομάδας. Για το Κέντρο Ημέρας και τις ψυχοπαιδαγωγικές ομάδες γίνονται δεκτά αυτοεξυπηρετούμενα άτομα 12 έως 30 ετών, αντίστοιχα κατόπιν αξιολόγησης της διεπιστημονικής ομάδας του χώρου. Ο αριθμός των ενοίκων στις Σ.Υ.Δ. και των εκπαιδευομένων στο Κέντρο Ημέρας καθορίζεται με βάση τις άδειες λειτουργίας της κάθε μονάδας, οι οποίες εκδόθηκαν από την αρμόδια εποπτεύουσα αρχή της Περιφέρειας Αττικής (Π3β/Φ.ΓΕΝ/Γ.Π.οικ.3394ΦΕΚ Β 74/29.01.2007-10676/04.11.2011).
Το Ίδρυμα έχει λάβει την ειδική πιστοποίηση ως φορέας παροχής Υπηρεσιών Δευτεροβάθμιας Κοινωνικής Φροντίδας μη κερδοσκοπικού χαρακτήρα με το Φ.Ε.Κ. 1224/τ.Β΄/27-04-2016.